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吴三桂叛乱的消息传到了紫禁城。康熙急召议政王大臣等，议出师平叛。
太和殿里气氛紧张，百官肃穆而立。康熙临危不乱，肩脊笔直，款步迈上御阶，一转身，坐在了精雕细刻的八宝金龙御座上。文武百官齐甩马蹄袖，跪地叩首，高呼‘万岁万岁万岁爷’。
“众爱卿平身——！”
王公大臣们谢恩后，哗啦啦地站起身来，按照班次站好。康熙的脸色平静无常，他居高临下，淡淡地扫视了一下群臣，说：“吴三桂反了——！”言简意赅，直入主题。
光润似墨玉的丹陛之下，一阵欷歔的骚动之后，大臣中有人面露惊恐，有人惴惴不安，有人暗自高兴，有人无动于衷。
索额图沉不住气，第一个走出班列，扬声奏请说：“万岁，吴三桂起兵造反，眼见着折尔肯等三位大人一去无回，奴才以为，对于朝中力主撤藩的大臣应该严惩不贷，以谢叛逆！”说完，他狠狠地扫了一眼旁侧的明珠。
明珠明知道索额图指的是自己，可他为人深沉，凡事不动声色。此刻，他直挺挺地站着，一脸刚正不阿，理直气壮。
在索额图的煽动下，廷臣中原来不主张撤藩的亲王贝勒，纷纷站出，掀起反攻恶浪。要求皇上诛杀建议撤藩者，安抚吴三桂。
大殿之上一片悲言壮语，各种表情的人都有，气氛变得更加凝重紧张。
康熙定定地从御座上起身，往旁走了两步，皓立于丹陛之上，正颜厉色地说：“哼，大乱已成，朝廷无所作为，你们先在这儿杀头砍脑袋地闹了起来，如何能同心协力？撤藩是朕的主意，即或明珠、米思翰、莫洛也不赞同撤藩，朕依旧要办！难道你们要办朕这个罪魁祸首？”这话说得分量很重。大殿内顿时寂静无声，百官相顾失色、不寒而栗。索额图等人连忙叩头称罪。
康熙面色冷峻，修长的手指在御座的雕龙扶手上按了按，他勉强维持着自己的镇静，缓了口气，说：“眼下大敌当前，朝廷君臣皆应同仇敌忾，共赴前驱。大丈夫立德，立言、立功、立业，在此一时！？生死常理，朕所不讳，唯有天下大权不可旁落。朕宁为唐宗、汉武敬业而死，不效东晋，南宋苟安而生！”
听了万岁爷这一番表决心的话，丹陛前，王公贵族、文武大臣面带愧色，黑压压的跪了一大片。
康熙紧抿着嘴，有力地昂着头，一幅沉着中带着自信的表情，他目光凌厉地沉思了一会儿，然后口吻坚决地宣布：“朕自少时，见三藩势焰日炽，累行跋扈、不可不撤。吴三桂此次叛乱绝非偶然，而是早有预谋，其撤亦反，不撤亦反，朕决定——派兵征剿！”一语成定局。
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康熙十二年年底，吴三桂兵逼贵州镇远府，渐入楚境。
康熙下令停撤平南、靖南二藩，召回梁清标、陈一炳。因广西境邻贵州，特授孙延龄为抚蛮将军，线国安为都统，令其固守广西。
腊月二十四日，康熙任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，总统诸将，率京师八旗劲旅由湖南进剿云贵叛军。是日，清廷拘禁了居住京城之吴三桂子吴应熊及其随从官员。
腊月二十七日，康熙发布了征讨吴三桂檄文，历数其罪：“中怀诅诈，宠极生娇，阴图不轨，横行凶逆，涂炭生灵、理法难容……”，清廷削吴三桂王爵，诏谕云贵文武官员军民等，“各宜安分自保，无听诱胁，即或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦以往，不复究治”。“有能擒斩吴三桂头献军前者，即以其爵爵之。有能诛缚其下逆渠、或约献城池归命自效者，论功从优叙录。”
腊月二十八日，吴三桂率兵至贵州，以贵州提督李本深为贵州总管大将军，吴军浩浩汤汤、继续向东推进。是日，康熙在乾清宫亲自调兵遣将，部署战斗。并指出“荆州乃咽喉要地，关系最重”。因此，派前锋统领硕岱率军进驻荆州，“以固军民之心”，然后再进占常德，“以遏贼势”；命都统朱满率兵守岳州，以阻击东掠湖广之叛军，然后再派兵进驻江西，从而切断三藩连兵一起的道路；命西安将军瓦尔喀率骑兵火速赴四川的“险隘之地，俱行坚守”，以阻叛军入川之路……
腊月二十九日，蒙古察哈尔、巴林、科尔沁、扎鲁特等部王、贝勒至京朝见皇帝，请献马助阵率兵从征，康熙命其待命，俟春回草青时听调。
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康熙十三年正月，吴军连破沅州、澧州、常德、衡阳等地，湖南清军节节败退，四川提督郑蛟龙及副将黄正卿等，以所部叛投吴军。
康熙十三年二月，吴三桂以书召广西将军孙延龄，孙心怀异图，集诸将诈称议事、杀都统王永年、副都统孟一茂等，派兵围巡抚署，囚马大士，孙延龄自称安远大将军、发布反清檄文，并发兵攻陷平乐。
康熙十三年三月，靖南王耿精忠举兵反清，福建总督范承谟不屈被幽禁。
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吴三桂叛乱后，各地党羽纷纷响应、数月之间，叛乱势力“掠地陷城，连山接海”，使得云、贵、川、湘、闽五省尽失。
更大的混乱像瘟病一样在京城中传染蔓延。三藩叛乱的消息，本来就使黎民百姓惶恐不安，很怕刚刚平息了几年来的天下又要大乱，而各城门贴出的“征兵”的布告，更证实了百姓的忧虑，一场大战乱，仿佛就要从天而降，迫在眉睫，压向头顶了。近月来，京城各处都像被捅开的马蜂窝，乱成一片，不少商号闭门，闹市骤然冷落，动作快的人家已经在收拾细软，准备外逃避难了。至于八旗之家，则不得不准备从征，也是一派惶惶不安。整个京城笼罩在一片厚厚的愁云惨雾之中。
窗外雨声淅沥，已经是子时时分了，乾清宫的上书房里还亮着灯光，御案上，文书堆积如山，都是各地来的战报。
吴三桂多年来养精蓄锐，兵强马壮，先声夺人。清军出师不利，八旗兵斗志不强，丢掉了许多城池。
康熙从奏折中抬起眼睛，盯着窗外黑漆漆的夜空发呆。
根据图海和明珠的回报，在前线作战的将领官吏中，有的以“从前未经战阵，未经领军，缺乏战争经验”为词，拒不执行进军命令；有的“退缩不前，不迅速率兵破贼，而听凭叛军占据要地，甚至得“贼空营，冒为己功”，欺骗朝廷；有的“推诿巧饰，执意退缩”，反而纵兵骚扰地方百姓、敛财肥己；还有人放弃平叛重任，擅遁回京。